A mediação é norteada por diversos princípios, como o legislador brasileiro fez questão de registrar expressamente na Lei de Mediação e no Código de Processo Civil. Dentre esses princípios, talvez o mais importante seja o da autonomia de vontade, também chamado de princípio da voluntariedade ou do consensualismo.

Segundo esse princípio, a autonomia da vontade é a liberdade de decisão que as partes têm sobre o procedimento e o conteúdo da mediação, ou seja, consiste no protagonismo e controle que elas possuem para chegarem a uma solução consensual sobre seu conflito.

Do começo ao fim, a autonomia da vontade está presente em todas as etapas da mediação. Entre outros aspectos, as partes são livres para decidirem participar de uma mediação, prosseguirem nela, escolherem os temas que serão tratados em suas reuniões (ou sessões ou audiências), fazerem propostas e, eventualmente, definirem os termos de um acordo.

Isso significa que as demais pessoas envolvidas na mediação, inclusive o mediador, devem obrigatoriamente deixar que as partes tomem suas próprias decisões, sempre de forma livre e consciente, a fim de garantirem que o procedimento se desenvolva de modo adequado e que a solução consensual obtida seja válida.

O respeito à autonomia da vontade das partes garante seu maior comprometimento com o cumprimento espontâneo de eventual acordo, além de aumentar consideravelmente suas chances de se conformarem com o seu conteúdo, ao contrário do que, em geral, acontece quando um terceiro, por exemplo um juiz, impõe-lhes uma decisão.